Il Centro nasce nel 1956 con il nome di C.A.M.E.N. (Centro per le Applicazioni Militari dell'Energia Nucleare) all'interno del comprensorio dell'Accademia Navale di Livorno. Interessata all'impiego dell'energia nucleare nel campo della propulsione navale di superficie e subacquea, la Marina costituì il centro di studio, avvalendosi anche dell'esperienza dei docenti universitari pisani.

Proprio nell'ambito della collaborazione fra Difesa e Università di Pisa nasce l'idea di dotare il centro di un reattore nucleare sperimentale, costruito poi a San Piero a Grado, vicino a Pisa, ove nel 1961 si trasferisce il Centro. Nella nuova sede, il CAMEN viene dotato di laboratori e di attrezzature sperimentali, quali appunto il Reattore Nucleare di Ricerca RTS-1 “Galileo Galilei”. Così attrezzato il Centro ha sviluppato programmi di ricerca anche in collaborazione con Università, altri Centri di Ricerca ed Industrie Nazionali. In questo periodo il CISAM dispone di una rete di sorveglianza della radioattività ambientale dell’area circostante l’impianto, i cui dati venivano pubblicati in rapporti annuali a cura dell’autorità competente all’epoca (ENEA/DISP).

Il riesame da parte del Ministero della Difesa delle esigenze nucleari delle Forze Armate porta alla determinazione di ridurre l’impegno in questo settore e quindi di bloccare di fatto l’attività principale del Centro. Il reattore ha cessato definitivamente l’esercizio nei primi anni ‘80 e, negli anni successivi, è iniziato il suo smantellamento (decommissioning).

Vengono quindi avviati studi per l’individuazione di nuove potenziali attività tecniche di interesse del Ministero della Difesa verso le quali riconvertire il Centro. Nel 1985 viene trasformato in C.R.E.S.A.M. (Centro Ricerche, Esperienze e Studi per Applicazioni Militari), e poi dal 1994 viene istituito il C.I.S.A.M.Centro Interforze Studi per le Applicazioni Militari.

Oltre all’attività di ricerca nel campo dell’energia nucleare, il CISAM ospita il deposito di rifiuti radioattivi dell’Amministrazione della Difesa.