Con la legge regionale 30/09 è stata definita la nuova disciplina dell’Agenzia, che ha chiaramente ridefinito i compiti istituzionali di ARPAT, in particolare individuati in:
a) attività di controllo ambientale,
b) attività di supporto tecnico-scientifico,
c) attività di elaborazione dati, di informazione e conoscenza ambientale.
 
In particolare (art.7) le attività di controllo ambientale “consistono nel campionamento, nell’analisi e misura, nel monitoraggio e nell’ispezione, aventi ad oggetto lo stato delle componenti ambientali, delle pressioni e degli impatti, nonché nella verifica delle forme di autocontrollo previste dalle normative comunitarie e statali vigenti.”

Nel termine controllo ambientale (inteso nell’accezione generale della  Raccomandazione del Parlamento e del Consiglio Europeo 2001/331/CE) sono comprese sia le attività di controllo delle pressioni che il monitoraggio delle matrici ambientali.

ARPAT effettua fin dalla sua costituzione il monitoraggio dello stato dell'ambiente; svolge accertamenti sulle fonti di inquinamento e sugli impatti che ne derivano, occupandosi dell'individuazione e della prevenzione di fattori di rischio per la tutela dell'ambiente e la salute dell'uomo.

Provvede alle ispezioni sul territorio toscano, per controllare il rispetto delle norme in materia di tutela ambientale - compresa la recente normativa in materia di ecoreati - e verificare che le prescrizioni contenute negli atti autorizzativi rilasciati dagli enti competenti siano rispettate dai gestori degli impianti, ed effettua i controlli tecnici che serviranno alle autorità per adottare i provvedimenti necessari alla tutela dell'ambiente.