La costruzione della nuova infrastruttura può interferire con il reticolo idrografico comportando la riduzione del deflusso e, soprattutto, l'alterazione della qualità delle acque e dei sedimenti fluviali. Tra le attività a maggior rischio si ricorda la costruzione dei viadotti e la gestione delle acque dei cantieri principali.

L’attività di monitoraggio prevede numerosi punti per il controllo periodico e alcune stazioni di rilevamento in continuo di vari parametri (livello idrometrico, temperatura dell’acqua, pH, conducibilità elettrica specifica e torbidità). La scelta dei punti di misura è stata effettuata privilegiando il monitoraggio dei corpi idrici a monte e a valle della possibile interferenza.

Per prevenire e mitigare eventuali condizioni di criticità sono state definite speciali disposizioni per le imprese - recepite in termini prescrittivi nel DEC VIA - mirate a ridurre l’interferenza sui corpi idrici superficiali, con particolare attenzione alla protezione del Lago di Bilancino nel quale confluiscono. Ad esempio è richiesto che l’impresa adotti per campi e cantieri apposite vasche di sedimentazione per prevenire apporti di inerti ai corsi d’acqua.

Nel piano di monitoraggio ambientale sono definite le soglie di azione: il loro superamento determina l'attivazione di un un gruppo di crisi (Spea, Impresa costruttice) che effettua approfondimenti tecnici e propone azioni risolutive. Di tale attività è informato come parte attiva il Comitato di controllo.

I risultati di monitoraggio sono consultabili sul sito del Comitato di controllo. Con cadenza trimestrale il proponente elabora una relazione sulla quale ARPAT effettua una valutazione per le varie componenti ambientali.