Il monitoraggio dei pollini e delle spore fungine è utile per la prevenzione, la diagnosi, la terapia e la ricerca di pollinosi e allergie da spore fungine. Ma oltre all'ambito sanitario i risultati del monitoraggio trovano apllicazione in molti altri settori, in particolare:

• Biodiversità: l'ambiente è un sistema in continua evoluzione, sia per cause naturali che antropiche. Anche il polline presente in atmosfera subisce nel tempo variazioni qualitative e quantitative. Questi cambiamenti sono legati all'andamento stagionale, alle fluttuazioni fisiologiche e/o patologiche della capacità riproduttiva delle piante, all'introduzione di nuove specie (a scopo ornamentale, agricolo o come infestanti) o all'estinzione di altre (inquinamento, taglio ecc.). Tutti questi fenomeni esprimono la Biodiversità di un territorio.
• Clima: l'elaborazione dei dati forniti dal monitoraggio aerobiologico effettuato per un discreto numero d'anni permette di studiare l'inizio, la durata e la fine della pollinazione di piante diverse, fornendo così informazioni sull'andamento climatico.
• Agricoltura: esiste una relazione tra la produzione annuale di polline di una determinata specie e la sua futura produzione in semi e frutti. Un modello previsionale dovrà considerare la quantità di polline prodotto, l'influenza degli eventi post fiorali e studiare in che misura influiscono i parametri meteorologici.
• Fitopatologia: La determinazione quali e quantitativa delle spore fungine fitopatogene permette di ampliare le conoscenze di tipo epidemiologico e biologico delle malattie delle piante. Confrontando il monitoraggio delle spore fungine aerodisperse con le variabili ambientali (meteo/climatiche) si possono elaborare modelli previsionali sulla possibilità che si verifichino malattie crittogamiche epidemiche, in modo da orientare in maniere specifica i trattamenti, ottenendo così un migliore salvaguardia dell'ambiente (terreni e falde acquifere), della salute degli addetti (D.Lgs 626/94) e dei consumatori.
• Beni culturali: La componente biologica dell'aria costituisce un potenziale elemento di degrado dei beni culturali. Il biodeterioramento consiste nell'insieme dei processi di natura fisica e/o chimica legati alla crescita d'organismi e capace di produrre alterazione dei materiali. Il monitoraggio aerobiologico si rivela quindi indispensabile per la costituzione di una base di dati necessari all'elaborazione di strategie da impiegare sia nella fase di recupero dei materiali danneggiati, sia in quelli di prevenzione e conservazione.
• Inquinamento: vitalità, germinabilità del polline e accumulo dei metalli pesanti sono stati messi in relazione con l'inquinamento atmosferico prodotto dal traffico veicolare
• Organismi Geneticaente Modificati (OGM): il monitoraggio dei pollini geneticamente modificati permette di tenere sotto controllo la loro replicazione e diffusione nell'ambiente