Il piano di monitoraggio, adottato nella sua versione definitiva il 14/02/2012, si è svolto su tre livelli d’intervento:

Livello 1 – Monitoraggio svolto nei pressi della nave (nella fase iniziale) su 5 punti : P1 – Centro nave lato dritta , P2 - Prua nave,  P3 – Centro nave lato sinistra,  P4 – Poppa nave,  P5 – Bianco riferimento 1 miglio a largo.  Ha lo scopo di tenere in sorveglianza  l’entità dell’ inquinamento e la sua diffusione. Sono previste analisi chimico-fisiche di base tramite sonde e strumentazione da campo e prelievo di campioni con successiva analisi di laboratorio su altri parametri correlati alle sostanze che possono essere rilasciate o prodotte.

Livello 2 – Monitoraggio per valutazioni di breve e medio periodo di danno ambientale – Programma concordato fra ARPAT e ISPRA tramite battello oceanografico, con indagini chimiche ecotossicologiche, idromorfologiche e biologiche  su colonna d’acqua , sedimento e biota, da effettuarsi nell’intorno del luogo di affondamento in punti  da stabilire in corso d’indagine  e frequenze variabili in funzione dei parametri controllati.

Livello  3 – Monitoraggio per valutazioni di lungo periodo  - Monitoraggio svolto presso 5 stazioni della rete di monitoraggio regionale vicine alla zona affondamento con frequenze previste dal programma 2012 e con profilo ampliato con parametri chimici pericolosi e elementi di qualità  biologica.  Le stazioni di monitoraggio “in osservazione” sono le seguenti: Porto Santo Stefano, Montecristo, Foce Bruna, Cala Forno, Elba Sud (Mola). Il monitoraggio ha lo scopo di valutare eventuali variazioni dello stato di qualità delle acque marino-costiere rispetto agli standard di qualità previsti dalla normativa vigente. 

La rete di monitoraggio marino-costiera è costituita da 19 punti di campionamento.  I campioni di acqua vengono presi ad una distanza di circa 500/1000 metri dalla riva con cadenza bimestrale. I campioni di sedimenti con cadenza semestrale.

Con l'effettuazione della analisi durante lo spostamento del relitto e i campioni effettuati il 28 luglio al Giglio, successivamente alla sua partenza alla volta di Genova, si è conclusa l'attività di monitoraggio che ha tenuto occupata l'Agenzia per oltre due anno e mezzo.
Un nuovo programma di monitoraggio è in corso di definizione con tutte le Autorità competenti per lo smantellameno del canitere e il ripristino dell'area.