Le Regioni individuano annualmente le acque destinate alla balneazione e i relativi punti di monitoraggio - tanto per le acque costiere quanto per le acque interne - nonchè le aree in cui la balneazione è vietata in modo permanente.

Per la stagione 2024 sono state proposte e, successivamente ad un confronto con i Comuni, individuate con DDRT 6667/2024

• 277 aree di balneazione
• 61 divieti permanenti

L'assetto attuale è stato in buona parte definito nel 2010: in quell'occasione Regione ed ARPAT, sulla base delle conoscenze territoriali e dei risultati di oltre 20 anni di controlli, individuarono le nuove aree di balneazione facendo riferimento a tratti di costa con caratteristiche naturali (geomorfologiche, idrologiche, ecc.) ed antropiche (fonti di pressione, limiti amministrativi, ambiti gestionali) sostanzialmente uniformi. Nell'ambito di ciascuna area il punto di controllo è stato posizionato laddove si concentrano gli eventuali fattori di rischio (presenza di porti, centri urbani, ecc.) o dove si erano evidenziate condizioni più critiche (campioni non a norma, concentrazioni medie di batteri fecali, ecc.) o, a parità di rischio, dove si ipotizzava il maggior afflusso di bagnanti.

Da allora ogni anno, Regione e ARPAT procedono alla revisione dell'elenco e dei relativi punti di monitoraggio: le variazioni possono riguardare l'introduzione di nuove aree e/o divieti o la classificazione delle aree esistenti. Inoltre possono essere individuati punti aggiuntivi, finalizzati ad approfondire la conoscenza dell'area a cui si riferiscono.

Prima dell'inizio della stagione balneare i Comuni provvedono a delimitare le aree non adibite a balneazione (porti, ecc.) e quelle permanentemente vietate che ricadono nel loro territorio. In tutte le altre aree, durante la stagione ARPAT effettua periodicamente il monitoraggio della qualità igienico-sanitaria delle acque.

Per quanto riguarda le aree marine la Toscana ha una notevole estensione costiera - che include le isole dichiarate, dal 1996,  Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano - in gran parte balneabile.

Diversa la situazione per le acque interne (fiumi e laghi), che solo in minima parte sono state dichiarate aree di balneazione. Si tratta prevalentemente di porzioni di aree lacustri suddivise tra 4 province

• Firenze: invaso di Bilancino e laghetti dei Renai
• Pisa: lago Braccini
• Grosseto: lago dell'Accesa
• Livorno: laghetto Calidario

Nei restanti laghi e fiumi non viene effettuato alcun controllo di idoneità alla balneazione.