Le Agenzie per la protezione ambientale nascono in Italia negli anni '90 a seguito del referendum abrogativo con il quale si sottraevano al Servizio Sanitario Nazionale le competenze in materia di protezione ambientale.

La legge 61/94 istituiva l'Agenzia nazionale per la protezione dell'ambiente (oggi Agenzia per la protezione dell'ambiente e per i servizi tecnici - ISPRA) e dava mandato alle Regioni e alle Province Autonome di istituire Agenzie per la protezione dell'ambiente nei loro territori.

La nascita delle Agenzie regionali e delle Province autonome inizia nell'aprile 1995 - tra le prime a partire Piemonte, Toscana ed Emilia Romagna - e si snoda nel corso degli anni '90 per concludersi nel 2006 con la nascita di ARPA Sardegna. 

Il funzionamento "a rete" delle agenzie ambientali presenti nelle varie Regioni/Province autonome, è stata una buona pratica che ha caratterizzato fin dall'inizio lo sviluppo del sistema agenziale. Anche sulla scorta delle disposizioni contenute nella sentenza della Corte Costituzionale n. 356 del 1994, le Agenzie hanno colto l'importanza di pervenire ad una forma di coordinamento che andasse oltre il mero coordinamento tecnico ed entrasse in una logica di Sistema. Da questo punto di vista si ricordano come punti cardine:

• l'istituzione del Consiglio federale, presieduto dal Presidente di ISPRA e composto dai legali rappresentanti delle varie ARPA/APPA che ha tra l'altro il compito di approvare il Piano triennale di attività
• la partecipazione al Sistema Inforrmativo nazionale ambientale (SINAnet) mirato alla razionalizzazione delle iniziative di monitoraggio e di gestione delle informazioni ambientali

I risultati ottenuti hanno spinto il legislatore a intraprendere un progetto di  riforma - il cui iter di approvazione è stato abbastanza lungo - che si è concluso con l'approvazione della legge 132 del 28/06/2016  che istituisce il Sistema nazionale a rete per la protezione dell'ambiente e disciplina l'Istituto superiore per la protezione e la ricerca ambientale.

Nell'ambito del  Sistema - che entrerà in vigore il 14/1/2017 - forte è, in questo momento, la necessità di confronto per il rafforzamento dell'identità di sistema, ma anche e soprattutto per una più efficace e omogenea tutela dell'ambiente. Sono disponibili interviste ai Direttori generali delle agenzie sullo stato e le prospettive del Sistema Nazionale per la Protezione Ambientale

Complementare al SNPA è AssoArpa - associazione con personalità giuridica che ha funzioni di rappresentanza delle Agenzie regionali e provinciali aderenti, con particolare rilievo per gli aspetti legali, i sistemi di finanziamento, l’organizzazione del lavoro, lo sviluppo delle risorse umane, la gestione dei rapporti di lavoro e delle relazioni sindacali.