Come da indicazioni regionali, la programmazione del monitoraggio della cosiddetta rete MAS (Monitoraggio Acque Superficiali), si svolge sul sessennio, suddiviso in due tronchi triennali, in cui mediamente è suddiviso il numero di stazioni da monitorare e il numero di parametri, biologici e chimici da indagare. Nell'ambito di questa suddivisione resta valido il concetto della differenziazione tra stazioni in monitoraggio operativo, in cui la ricerca delle sostanze pericolose viene eseguita annualmente, rispetto alle stazioni in monitoraggio di sorveglianza, in cui la ricerca di inquinanti viene spalmata sul triennio essendo in presenza di minori pressioni antropiche.

Dal 2016 la programmazione degli inquinanti da ricercare (previsiti dal D.Lgs 152/06, dal DM 260/10 e dal D.Lgs 172/15) viene eseguita con un metodo automatizzato che tiene conto da un lato dell'analisi delle pressioni (aggiornata periodicamente) e dall'altro dell'analisi dei determinanti, cioè delle analisi eseguite dal 2010 in poi da ARPAT.
Il complesso delle determinazioni analitiche effettuato confluisce nell'elaborazione di due indici di qualità distinti: stato ecologico e stato chimico. I parametri da analizzare per la classificazione dello stato chimico sono stati rivisti e dal 2016 seguono i criteri del D.Lgs 172/15. Anche la quota parte di parametri che entrano nell'elaborazione dello stato ecologico sono stati rivisti alla luce delle novità introdotte dal D.Lgs 172/15, mentre la determinazione degli indici biologici e stato trofico segue sempre i criteri del DM 260/10.
I parametri che entrano nell'elaborazione dello stato  chimico ed ecologico sono quelli elencati  nel D.Lgs 172/015 in tab 1A, per il chimico, e in tab 1B, per lo stato ecologico.

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