È stata presa in esame la matrice acqua nelle sue componenti: colonna d’acqua e elementi di qualità biologica, sia nelle immediate vicinanze del relitto che in zone ad esse adiacenti, oltre ad ampliare il range delle sostanze chimiche analizzate nei punti a maggiore distanza dal relitto, nei quali era già presente il monitoraggio periodico effettuato ai sensi del D.Lgs. 152/06.

I valori medi di clorofilla-a, calcolati così come indicato dal DM 260/2010, e i valori relativi al Rapporto di Qualità Ecologica (RQE) indicano uno stato ecologico elevato per tutte le stazioni
monitorate. Tale risultato è avvalorato anche dai dati di TRIX (indice che mette in relazione elementi chimici e fisici quali ossigeno, nutrienti e clorofilla a) che indica uno stato di bassa trofia in tutte le stazioni indagate. I test di tossicità hanno dato sempre esito negativo e le concentrazioni di metalli sono risultate sempre entro i valori degli standard ambientali previsti dalla normativa.

Le altre analisi chimiche mostrano solo un'anomalia nelle concentrazioni medie dei TBT
(Tributilstagno) con superamenti dello Standard di Qualità Ambientale – Media Annuale (SQAMA) nel 2016 in tutte le stazioni tranne in quella denominata Giglio e nel 2017 in tutte le stazioni eccetto in quella denominata Cala di Forno. Nonostante dal 1 gennaio 2003 la Direttiva 2002/62/CE abbia vietato l’immissione sul mercato e l’uso dei prodotti organostannici nei prodotti antivegetativi destinati a qualsiasi tipo di imbarcazione, questi composti, data l'elevata persistenza, sono presenti nella matrice acqua in tutti i corpi idrici della Toscana indagati ai sensi del D.Lgs 172/15; il superamento dello standard ambientale all’Isola del Giglio, quindi, non è da ritenersi in relazione con il naufragio della M/N Costa Concordia

L’indice PREI applicato sulla matrice biologica Posidonia oceanica classifica tutti i siti tra la classe buona ed elevata, pur mostrando alcune differenze il sito di impatto Cala del Lazzaretto e siti di controllo, evidenziando nel primo alcuni segnali di stress, con valori di PREI leggermente inferiori se confrontati con quelli dei siti di controllo lontani dall’area impattata.
I segnali di impatto sono evidenti e confermati da segni di erosione, con matte scoperta e uno scalzamento dei rizomi, in particolare nelle porzioni centrali delle praterie e su parte dei limiti inferiori, non rilevati nei siti di controllo. Per quanto riguarda il coralligeno, i popolamenti dell’Isola del Giglio appaiono ben strutturati e diversificati in tutti i siti di controllo indagati, con patterns di variabilità spaziale che sono da considerare tipici dell’habitat a coralligeno. La qualità ecologica è risultata elevata in quasi tutta l’area tranne per il sito di Punta Gabbianara, classificato in stato ecologico buono.
Le indagini condotte sul campo e i risultati ottenuti dall’applicazione dell’indice ESCA negli habitat a coralligeno dell’Isola del Giglio hanno evidenziato che l’impatto, dovuto ai lavori di cantiere di rimozione prima e i successivi (e ancora in atto) lavori di ripristino dei fondali, è rimasto circoscritto all’area di cantiere, senza alcun effetto né sulle aree indagate immediatamente adiacenti al sito di impatto (vedi Punta Lazzaretto) né, tanto meno, in zone più distanti.

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