In ciascuna stazione viene monitorato, secondo i parametri definiti dalla norma e descritti nei paragrafi successivi, lo stato di qualità ambientale:

Stato ecologico: descrive la qualità delle acque sulla base dello status di diversi elementi di qualità biologici . I possibili livelli di classificazione identificati dalla norma sono 5:  elevato,  buono, sufficiente, scarso e cattivo. La Regione Toscana - in accordo con ARPAT - ha scelto di effettuare la classificazione utilizzando la matrice acqua pertanto sono state considerate, ai fini della valutazione dello stato ecologico, solo le concentrazioni degli elementi chimici a sostegno riportati nella tabella 1/B del decreto stesso: le concentrazioni medie annuali di tali elementi chimici sono sempre conformi allo standard di qualità ambientale. In particolare:

• il 56% delle stazioni monitorate sono classificate in uno stato di qualità ambientale BUONO;
• risultano invece in classe SUFFICIENTE i corpi idrici Costa Versilia, Costa Punta Ala e Arcipelago Isola d'Elba - nei quali si rileva un superamento oltre i limiti soglia indicati dalla legge della concentrazione di cromo -  e Costa Ombrone che  invece, presenta valori medi di arsenico al di sopra dello standard ambientale;
• in classe sufficiente anche costa Serchio (biomassa fitoplanctonica), Costa Pisana (TRIX) e Costa Rosignano (Posidonia oceanica-PREI).

Stato chimico: descrive la qualità delle acque in base alla presenza di sostanze chimiche prioritarie nelle acque e nei sedimenti, oltre che negli organismi bioaccumulatori (mitili). I possibili livelli di classificazione sono 2:  buono  o non buono.

Dall'elaborazione dei dati di monitoraggio del triennio 2013-2015 - ottenuti dalle analisi della colonna d’acqua - tutti i corpi idrici della Toscana risultano nella classe NON BUONO.  La classificazione è condizionata dalla presenza “sopra soglia” di mercurio e dei TBT in tutte le stazioni monitorate; il cadmio  supera gi standard - solo nel 2014 - nei corpi idrici di Costa Punta Ala, Costa Albegna e Costa Burano.

Pur non essenso stata considerata ai fini della classificazione dei corpi idrici, l'analisi dei sedimenti ha rilevato diverse anomalie nella concentrazione dei metalli. In buona misura si tratta di una situazione nota da tempo da mettere in relazione, nel caso dei diversi metalli, con i valori di  fondo naturale.