Tra i fattori di pressione da prendere in considerazione nello studio dell'ambiente e delle sue modificazioni si trova, al pari delle altre attività economiche - il settore della pesca.

Il monitoraggio delle specie ittiche in mare, oltre ad essere essenziale allo studio della biodiversità, è propedeutico all'attuazione della Direttiva Quadro della Strategia Marina dell’Unione Europea, che istituisce un quadro per l’azione comunitaria nel campo della politica per l’ambiente marino.

Nei confronti del nuovo approccio introdotto dalla Direttiva e della sua applicazione, ARPAT si è trovata avvantaggiata dal possesso di un patrimonio conoscitivo e informativo di inestimabile valore. Con una intuizione risultata, alla luce degli sviluppi successivi, particolarmente brillante il legislatore regionale - al momento dell'istituzione di ARPAT, avvenuta nel 1995 - fece confluire nella sua struttura varie competenze tra cui quelle del Consorzio regionale di Idrobiologia e Pesca (CRIP).

A partire dalla Legge n°41 del 17 febbraio 1982, con il Piano per la razionalizzazione e lo sviluppo della pesca marittima, è iniziato il monitoraggio sistematico delle risorse ittiche, dei pesci, molluschi e crostacei, presenti in tutti i mari italiani. In Toscana, dal 1985 questo monitoraggio è stato realizzato tra gli alti dal CRIP e ha prodotto un database relativo a oltre 400 specie ittiche, 2000 punti di campionamento e innumerevoli informazioni di natura biologica (sesso, taglia, peso, maturità, età, dieta, ecc.).

Questa enorme quantità di dati, opportunamente elaborati con tecniche statistiche e geografiche, non solo fornisce il supporto alla definizione delle misure gestionali del settore pesca,  ma rappresenta anche il principale sussidio informativo al calcolo degli indici di biodiversità dei fondali marini dei mari toscani.

ARPAT, nell’ambito dell’U.E. Data Collection Framework, prosegue l'attività di monitoraggio della pesca, di cui si riportano alcune esperienze significative:

• Monitoraggio pesca del Rossetto
• Pesca del cannolicchio nel compartimento marittimo di Livorno