Tra gli strumenti di programmazione previsiti dalla Legge regionale 30/2009 ci sono gli indirizzi annuali per l'attività di ARPAT, che vengono approvati dalla Giunta regionale entro il 31 ottobre di ciascun anno.

A tal fine la Regione effettua  - entro il 30 settembre di ogni anno  - una ricognizione dei fabbisogni espressi dalle proprie strutture nonchè dai Comuni, dalle Città metropolitane e dalle unioni di comuni, dagli enti parco regionali e dagli enti del Servizio sanitario regionale, rispetto alle attività istituzionali che esulano dalle attività a cui ARPAT è tenuta obbligatoriamente (cd. attività INO)

Gli indirizzi - elaborati sulla base di tale ricognizione - individuano:

• le risorse finanziarie rese disponibili dai vari Enti per l'esecuzione delle attività non obbligatorie individuate con la ricognizione;
• gli indirizzi per l’elaborazione del piano annuale delle attività di ARPAT;
• i criteri per l’integrazione tra ARPAT e le strutture del Servizio sanitario regionale

Sulla base di tali indirizzi ARPAT elabora la proposta di piano delle attività e la trasmette alla Giunta Regionale per l'approvazione.

• Indirizzi ARPAT 2024/2026 - Approvati con delibera di Giunta regionale n. 555 del 6/5/2024