Previste dall'atto organizzativo di ARPAT, le Commissioni tematiche hanno funzioni di studio, approfondimento, istruttoria e proposta nelle materie di competenza, ai fini della omogeneizzazione e standardizzazione delle attività tecniche dell’Agenzia.

Sette le Commissioni che collaborano con il Settore Indirizzo tecnico delle attività:

• Commissione Agenti fisici  - competente in tema di inquinamento acustico, radiazioni non ionizzanti e radiazioni ultraviolette.
• Commissione Rifiuti  - competente in tema di rifiuti, fanghi, cave e miniere, terre e rocce da scavo, materie prime seconde e sottoprodotti.
• Commissione Bonifica Siti Inquinati - competente in tema di bonifiche dei siti inquinati
• Commissione Aria  - competente in tema di qualità dell’aria, emissioni in atmosfera, impatti degli impianti di recupero energetico e fonti rinnovabili alternative
• Commissione Sistemi Produttivi  - competente in tema di controllo dei grandi impianti IPPC, rischio industriale, Emas, sostanze chimiche e applicazione dei Regolamenti REACH e CLP.
• Commissione Acque  - competente in tema di scarichi, qualità della risorsa idrica interna superficiale e sotterranea, utilizzazione agronomica acque di vegetazione e acque reflue di aziende agricole, acque di balneazione
• Commissione Mare - competente in tema di tutela dell’ambiente marino costiero e delle acque di transizione, risorse ittiche e biodiversità marina.

Esiste poi la Commissione Attività analitiche - che fa capo al Direttore Tecnico ed è competente in tema di processi di misura e prova, svolti in laboratorio e in campo