Nel monitoraggio delle acque di transizione non sono disponibili indicatori biologici a causa della difficoltà rilevata di campionare in zone di foce o in laguna, dove spesso la quantità di acqua è minima.

L’obiettivo della direttiva acqua 2000/60 CE, era in un primo momento il raggiungimento dello stato di qualità ecologica e chimica “buono” entro il 2015; il vigente Piano di Gestione ha posticipato l’obiettivo al 2021.

La distribuzione percentuale della qualità ecologica riporta l’8% dei corpi idrici buoni, contro il 92% sufficiente. La criticità principale è imputabile alla qualità del sedimento.

Per quanto concerne lo stato chimico, nel 75% dei corpi idrici è buono, contro il 25% di non buono. Quest’ultima situazione è destinata a peggiorare nel momento in cui si intersecano i risultati della ricerca di sostanze pericolose in acqua e nel biota. Ad oggi le due classificazioni sono tenute separate, in quanto il monitoraggio sul biota è ancora in fase sperimentale (cogente a partire dall'anno 2019), comunque laddove sperimentato, riporta sempre il superamento di alcuni parametri quali il mercurio e il gruppo dei difenileteri bromurati.

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