Le acque di transizione fanno parte del complesso della rete del monitoraggio ambientale che comprende fiumi, laghi e quei corpi idrici quali foci o lagune costiere che hanno caratteristiche salmastre, quindi si configurano come ecotoni, in cui gli indici biologici applicati sono quelli mutuati dal monitoraggio marino e non fluviale.
In ragione di questa loro caratteristica, i dati analitici relativi alle acque di transizione - TW - sono consultabili nella banca dati MAR insieme alle acque marino costiere.

Le norme di riferimento per valutare lo stato ecologico e chimico dei corpi idrici sono il DM 260/10, il D.Lgs. 152/06 e successive modifiche; in tabella 1/A dell’allegato 1 alla parte III del D.Lgs 152/06 sono elencate le sostanze pericolose la cui elaborazione restituisce la qualità chimica, mentre le sostanze elencate nella tabella 1B dello stesso allegato sono richieste nell’elaborazione dello stato ecologico.

Il Piano di Gestione redatto dall’Autorità di Distretto Appennino settentrionale riporta classificazione di qualità ed obiettivi relativamente ai punti di monitoraggio elencati nella DGRT 847/13. La maggior parte sono corpi idrici in monitoraggio operativo, quindi a rischio di non raggiungere gli obiettivi della direttiva europea.

La tipologia dei dodici corpi idrici di transizione normati in Toscana sono riconducibili a foci fluviali e zone interne con caratteristiche di zone umide quali lago di Burano, Diaccia Botrona, laguna di Orbetello, ecc.
Le caratteristiche degli habitat di foci fluviali rendono spesso difficoltoso campionare in sicurezza gli indici biologici, in quanto oltre al mezzo nautico adeguato sono necessari altri accorgimenti e tecniche di difficile disponibilità.
Altro aspetto legato a questi habitat è il frequente stato di siccità a cui vanno incontro sempre più spesso negli ultimi anni, per cui la tipologia di indagine prevista per l'analisi della componente biologica animale e vegetale dovrebbe mantenere ragionevoli dubbi sulla possibilità di campionare organismi che non rappresentano adeguatamente la colonizzazione rispetto al numero di specie presenti e struttura in taxa delle comunità a causa dei periodi con assenza di acqua.

Considerare esaustivo un campionamento in tali circostanze porterebbe a bassi valori degli EQR e quindi una penalizzazione in termini di stato ecologico, che di fatto è riconducibile, da un lato, ad habitat con caratteristiche specifiche e, dall’altro, a criticità climatiche.

Questi ambienti ecologici sono supportati da equilibri naturali caratteristici e particolarmente delicati. La notevole diversità di forme di vita adattate alla frequente mutabilità delle condizioni dei fattori chimico-fisici comporta una elevata biodiversità che va a colonizzare e favorire l’esistenza di numerosi habitat per cui la tutela di questi ecotoni è una priorità.
Per tali motivi sono inapplicabili sia gli indici biologici propriamente fluviali sia quelli specifici delle acque marine.

In conclusione, relativamente ai punti di monitoraggio di acque di transizione, si dispone soltanto di un profilo parziale di parametri e gli stati ecologico e chimico sono determinati con un numero inferiore di indici.

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